ブログにドメインを割り当てる方法はいくつかあると思いますが、
シンボリックリンクとmod_rewriteを使う方法を紹介します。

FollowSymLinksを有効にしてください。

b0.example.com
b1.example.com
を作成します。

b0.example.com
のDocumentRootは
~/public_html/b0.example.com
b1.example.com
のDocumentRootは
~/public_html/b1.example.com
とします。

~/public_html/b0.example.com/
にwhblogを設置します。
これで
http://b0.example.com/index.cgi
が利用可能になります。

b0.example.com
は設置のみで実際には使わず、（使ってもいいですが）
ブログ管理専用のドメインとします。
~/public_html/b1.example.com/blog
に、
~/public_html/b0.example.com
のシンボリックリンクを作成します。

>cd ~/public_html/b1.example.com
>ln -s ../b0.example.com blog
↑こんな感じのコマンドをサーバー上で実行

これで、
http://b1.example.com/blog/
と
http://b0.example.com/
は同じものになります。

htaccess.sample.2.txt
を参考に、
~/public_html/b1.example.com/.htaccess
を作成します。
これで、
http://b1.example.com/entry/記事ID
の様なアドレスでアクセスできるようになります。

同じ要領で
b2.example.com
b3.example.com
にもシンボリックリンクを置いてmod_rewriteを設定すればマルチドメインができます。


ドメインを割り当てて複数ブログを設置した場合でも
ブログIDは1からの連番ですので、
CGIに直接パラメータを渡して他のブログの存在を確かめることは可能と思いますので注意してください。
コメント、トラックバック機能をなしにして、（この２つはPOSTなのでパラメータの判別が難しい。POSTだから相当な暇人じゃなきゃいたずらしないと思いますが。）
mod_rewriteを駆使するなどしてCGIに直接アクセスするのが困難な設定をすればほぼ隠すことは可能と思いますが、
ブログを閲覧可能にする以上、CGIへのパラメータ直接指定を完全に不可能にするのは難しいと思います。