壊れないとは思うんですが、万が一の事を考えて、
/entryだけバックアップするシェルスクリプト作りました。
次回アップの時に追加です。

/entry
ディレクトリをtar.gz化して0-9ファイル、ローテートする感じです。
0が最新です。

cronで定期実行させることを想定しています。

記事データベースのみのバックアップですので、
コメント、トラックバックDBが破損したらそれらは復元できません。
bloglist.db（ブログ設定等のDB)が破損した場合、ブログを再度作成したあとで
バックアップした記事データベースを上書きすれば記事が復活します。
アップロードしただけではbloglist.dbの記事数カウント等は更新されないので、
復活させたら再度カテゴリ設定や記事の更新等をすれば再構築できます。（復元は試してませんが・・・）