CKEditorではなくwheditorが同梱されて利用するようになりました。
同梱しているCKEditorのバージョンは
CKEditor 3.2.1
です。
/ckeditor
ディレクトリ以下のファイルはすべてCKEditorです。
/ckeditor/config.js
のみいじってます。
CKEditorにそのまま使えなくなるような仕様変更がない限りは、
別のバージョンのCKEditorをとってきて、
/ckeditor
を差し替えればバージョン変更が可能です。
現時点で、CKEditor公式サイトでは
CKEditor 3.4
が確認できます。
CKEditor公式サイト